Es una representación del antígeno HLA-DQ con la cadena alfa y la cadena beta. Juntas, forman un cleft, la cual es el sitio biológicamente activo del antígeno. La mayoría de los alelos DQA1 y DQB1 difieren en la secuencia de DNA, particularmente en la región cleft. Estas diferencias en las secuencias levemente cambian la estructura del cleft y por lo tanto impactan en como funciona inmunologicamente.