Las enfermedades en general, eran conocidas como cocolli; las contagiosas como cocoliztli; las epidémicas como temoxtli y las venéreas como cihuatlaueliloc.

Los médicos indígenas eran más higiénicos que los europeos de su tiempo. Comprendieron la influencia del clima en las enfermedades reumáticas y el catarro, lo nocivo de las bebidas embriagantes. Distinguieron síntomas del aparato digestivo: la sialorrea, los vómitos con sus variantes de flema, moco y sangre. Conocieron y trataron la disentería. Distinguieron el dolor precordial, las modificaciones en los caracteres del pulso, la hemoptisis, la ozena, el catarro común la neumonía, la bronquitis, la tuberculosis, el labio leporino o tencua.
Entre las enfermedades de la pies estaban familiarizados con las úlceras, las niguas, la sarna, tiña, pediculosis.

Se refieren a la urticaria como chincual y a la psoriasis como xiotl. De las enfermedades nerviosas distinguieron la locura furiosa de la apacible o moderada, las hemiplejias, las paraplejias, el temblor, la epilepsia (Diagnóstico Temprano)