Los comités para diferentes tipos de productos alimenticios tienen la responsabilidad de desarrollar estándares para diferentes tipos de alimentos o grupos de productos alimenticios. Para diferenciarlos de los Comités Horizontales y reconocer su exclusiva responsabilidad son llamados Comités Verticales. Hay 11 Comités verticales:

1.-Comité del Codex sobre chocolates y productos de cocoa,

•-Comité del Codex sobre azúcares,

•-Comité del Codex sobre frutas y vegetales procesados,

•-Comité del Codex sobre grasas y aceites,

•-Comité del Codex sobre carne e higiene de la carne animal,

•-Comité del Codex sobre pescados y productos de la pesca,

•-Comité del Codex sobre frutas y vegetales frescos,

•-Comité del Codex sobre leche y productos lácteos,

•-Comité del Codex sobre aguas minerales naturales,

•-Comité del Codex sobre proteínas vegetales,

•-Comité del Codex sobre cereales, leguminosas.