Con la fundación de la Organización de Alimentos y Agricultura (FAO) en 1945 y la Organización Mundial de la Salud en 1948, tomaron la responsabilidad de cubrir los temas relacionados a alimentación y salud, a la luz de los estándares alimenticios internacionales.

En la Asamblea de Salud Mundial, efectuada en 1953, se confirmó que el amplio uso de químicos en la producción y procesamiento de alimentos, impone por sí mismo una nuevo problema de salud pública que requiere atención especial.

En su 11ª sesión, efectuada en 1961, la conferencia de la FAO decidió establecer la Comisión para el Codex Alimentarius. En 1962, la Conferencia conjunta de la FAO y la OMS para estándares alimenticios requirió que la Comisión para el Codex Alimentarius implementara el programa conjunto de la FAO/OMS para estándares alimenticios y al mismo tiempo crear el Codex Alimentarius.

La Asamblea de Salud Mundial formalmente aceptó el programa conjunto de la FAO/OMS para estándares alimenticios, completamente aceptando la responsabilidad en relación con todos los aspectos de alimentación para la salud, en su 16ª sesión, efectuada en Mayo de 1963 y aceptó el Estatuto de la Comisión del Codex Alimentarius.