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Las esporas de ántrax son las formas vegetativas  de la bacteria. Como las semillas, sólo germinan en un ambiente fértil.
Si es inhalada, las esporas mayores se alojan en el tracto respiratorio superior, donde son menos peligrosas.
Pero las esporas de entre 1 y 5 micrómetros penetran los alvéolos en el pulmón.
El sistema inmune responde destruyendo algunas esporas, pero llevando a otras a los ganglios linfáticos  en el tórax.
Las esporas germinan. En un día o hasta 60, la bacteria del ántrax inicia a multiplicarse infectando tejidos torácicos.
Al infectar tejidos del tórax, también produce toxinas que entran al torrente circulatorio. En pulmón, las toxinas pueden causar hemorragias, derrame y lesión de tejidos.