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主要危险因素为T细胞缺陷(艾滋病患者)、类皮质甾酮治疗、器官移植、恶性血液病。约10%艾滋病患者并发隐球菌感染。
吸入酵母细胞后,健康机体仅引起无症状或轻度肺炎;当危险因素存在时,隐球菌经血传播至各器官,尤以脑脊膜为甚。