Mientras estas suposiciones generan la premisa para usar el Método Científico, tenemos que conservar en mente que hay fenómenos como el efecto placebo, en el cual las personas perciben sentimientos después de tomar algo que ellos pensaron era tratamiento.

También, no todo en la Naturaleza sigue una causalidad lineal y trayectoria de de efecto. Piense en tornados. Científicos han intentado explicar que no traza un modelo lineal con que es referido a una lógica minuciosa.

Y, algunas veces es imposible descubrir la causa de por qué las cosas suceden. Tecnología puede ayudar en este ejemplo., como el microscoipio ayudó a explicar la existencia de las bacterias como causa de muchas enfermedades en los 1800's.