По эпидемиологическим показаниям в воде определяют сальмонеллы, шигелы, т.е. когда коли-индекс высокий, или имеются подозрения на вспышки водных инфекций. Исседуемая вода забирается в количестве 500 мл в стерильную бутылку. Затем добавляется среда обогащения, в основном селенитовая, в количестве 50 мл, посев термостатируют при 37° C 24 часа. На следующий день делают пересев на плотные среды Эндо, Левина, висмут сульфит агар, которые снова термостатируются, на следующий день исследуются выросшие колонии также, как и при кишечных инфекциях, делают пересев на среду Олькеницкого, термостатируют, на третий день ставят ориентировочную реакцию агглютинации с известными сыворотками сальмонелл, шигел; ставят биохимические тесты и проводят фаготипирование.