La mortalidad tardía (más de 90 días post-trasplante) es causada en un 29% por rechazo crónico en la forma de síndrome de bronquiolitis obliterante (SBO). Este tiene una incidencia aproximada de 40% a los 2 años post-trasplante y tiene un 50% de mortalidad. La sepsis causa 30% de la mortalidad tardía, pero puede ocurrir en presencia, y ser predispuesta por, SBO. La malignidad causa 6% de las muertes tardías.