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En la segunda se considera principalmente a la enfermedad intersticial como la fibrosis pulmonar idiopática, fibrosis secundaria a enfermedades del tejido conectivo, a la sarcoidosis, granulomatosis eosinofílica, linfangioleiomiomatosis, enfermedades relacionadas con exposición ocupacional o ambiental, neumonitis por hipersensibilidad, toxicidad por medicamentos, bronquiolitis obliterante y enfermedad injerto-huésped. En la tercera categoría, enfermedad pulmonar obstructiva crónica secundaria a tabaquismo y/o deficiencia de alfa-1-antitripsina. En la cuarta se incluye a la fibrosis quística y a las bronquiectasias.

El rechazo crónico de un trasplante pulmonar previo, se considera una indicación apropiada de retrasplante, siempre y cuando no haya otras complicaciones asociadas. El éxito del retrasplante no alcanza lo reportado en trasplantes iniciales.