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Del mismo modo que vimos ya con GLM Anova, pueden usarse aqui también contrastes a priori para realizar pruebas de hipótesis de factores entre-sujetos. Además, si el test F global ha demostrado ser significativo, pueden usarse pruebas post-hoc para evaluar diferencias entre medias específicas. Las medias marginales dan estimaciones de los valores medios predichos para las celdas del modelo, y los gráficos de perfiles (interaction plots) de estas medias permiten visuallizar fácilmente algunas de estas relaciones.
En el ejemplo arriba mostrado no se demuestra interacción del factor intra-sujetos con ninguno de los factores entre-sujetos o covariables analizadas.