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Los contrastes se usan para medir diferencias entre niveles de un factor. Puede especificarse un contraste para cada factor del modelo. Los contrastes representan combinaciones lineales de los parámetros.

Los contrastes disponibles son: desviación, simple, diferencia, Helmert, repetidos, y polinómicos. Para los contrastes simple y desviación, es posible elegir si la categoría de referencia es la primera o la última.

Los frecuentemente usados contrastes a priori están disponibles para realizar pruebas de hipótesis. Adicionalmente, después de que una prieba F global haya mostrado ser significativa, pueden usarse puebas post hoc para evaluar diferencias entre medias específicas.

Las medias marginales estimadas da estimaciones de los valores de media predichos para las celdas en el modelo, y los gráficos de perfiles (interaction plots) de estas medias te permiten visualizar fácilmente algunas de las relaciones. Las pruebas de comparación múltiple post hoc se realizan para cada variable separadamente.